Powielanie genu BRAF stanowi mechanizm aktywacji szlaku MAPK w gwiaździakach o niskim stopniu złośliwości ad

Mutacje somatyczne w niektórych genach odpowiedzialnych za te zespoły (PTPN11, KRAS, BRAF, HRAS) są zaangażowane w patogenezę różnych typów nowotworów, w tym nowotworów mózgu (19. 21). My i inni zidentyfikowaliśmy mutacje aktywujące w KRAS, które skutkują aktywacją sygnalizacji MAPK, w niewielkiej części sporadycznych gwiaździaków pilocytarnych (22, 23). W jednym z badań wykazano, że szlak MAPK jest aktywowany praktycznie we wszystkich sporadycznych gwiaździakach pilocytarnych (22). Profile ekspresji genu gwiaździaków pilocytarnych związanych z NF1 i sporadycznych gwiaździaków pilocytarnych wykazały podobną aktywację genów docelowych szlaku MAPK, co dodatkowo wskazuje, że szlak MAPK jest również często zaangażowany w patogenezę sporadycznych gwiaździaków (24, 25). Jednakże podstawowe zdarzenia genetyczne prowadzące do aktywacji szlaku MAPK w sporadycznych gwiaździakach o niskim stopniu złośliwości z dzieciństwa zostały zidentyfikowane tylko w niewielkiej części guzów. Dlatego też bardzo interesujące jest poszukiwanie dalszych mechanizmów prowadzących do aktywacji szlaku MAPK w tych nowotworach. W niniejszym badaniu wykorzystano opartą na macierzy porównawczą hybrydyzację genomową (macierz-CGH) lub macierz-CGH do zbadania dużej serii 66 gwiaździaków o niskim stopniu złośliwości dla pediatrycznych w celu zmiany liczby kopii w całym genomie. Array-CGH pozwala na znacznie lepszą rozdzielczość niż konwencjonalne CGH na chromosomach metafazowych i dlatego może identyfikować znacznie mniejsze nierówności (26). Wyniki Skopiuj zmiany liczbowe w gwiaździakach dziecięcych według oceny tablicowej CGH. W sumie 66 guzów od dzieci z gwiaździakami o niskim stopniu złośliwości (53 gwiaździaki pilocytowe, 13 gwiaździaków rozproszonych) analizowano za pomocą macierzy CGH. Dwóch gwiaździaków pilocytarnych pochodziło od pacjentów z NF1; wszystkie inne guzy były pozornie sporadyczne. W 21 guzach (32%) nie wykryto niewykrywalnych nierównowag liczby kopii DNA. Ogólna częstotliwość zmian liczby kopii wykreślonych względem pozycji chromosomu jest przedstawiona na Figurze 1A. Zestawienie minimalnie zmienionych regionów występujących z częstotliwością 5% lub więcej podano w Tabeli dodatkowej 2 (materiał uzupełniający dostępny online w tym artykule; doi: 10.1172 / JCI33656DS1). Powtarzające się duże zaburzenia równowagi chromosomowej obejmujące całe chromosomy to trisomie chromosomów 5 (6/66) i chromosomu 7 (4/66). Częstości trisomii 5 i 7 różniły się istotnie nie między gwiaździakami pilocytowymi i rozlanymi, ani między guzami podnamiotowymi i nadnamiotowymi. Najczęstszą aberracją w 30 z 66 gwiaździaków (45%) było zwiększenie liczby kopii o 0,97 Mb pary reprezentowane przez 2 sąsiadujące klony BAC (RP5-886O8 i RP4-726N20) w paśmie chromosomów 7q34 obejmującym locus BRAF, między innymi. Szczegółową listę wszystkich genów zawartych w minimalnie uzyskanym regionie podano w Tabeli dodatkowej 3. Ta aberracja była obecna jako jedyna wykrywalna aberracja chromosomowa w 13 guzach (20%), z których wszystkie były gwiaździakami pilocytarnymi (Figura 1, B i C ). Pierwsze flankujące klony BAC z normalnymi liczbami kopii były odpowiednio RP11-269N18 i RP5-1173P7. Aby potwierdzić chromosomową adnotację klonu BAC pokrywającego BRAF, FISH przeprowadzono na normalnych chromosomach metafazowych i skrawkach parafinowych z 5 gwiaździakami pilocytarnymi o znanym statusie liczby kopii (Figura 1D). Sąsiednia normalna tkanka nie wykazała przyrostu liczby kopii, z wyłączeniem duplikacji segmentów linii zarodkowej. Ponadto, nie obserwowano duplikacji locus BRAF oprócz trisomii chromosomu 7 lub wzmocnienia ramienia chromosomu 7q. Co godne uwagi, duplikacje locus BRAF wykryto u 28 z 53 (53%) gwiaździaków pilocytarnych, podczas gdy wykryto je tylko w 2 z 13 rozlanych gwiaździaków (15%). Zwiększenie liczby kopii w 7q34 było częstsze w gwiaździakach z lokalizacją nie-rdzeniową (62% w porównaniu do 43% w guzach móżdżku, test .2, P = 0,31), pacjentów z pozostałym guzem po operacji (70% w porównaniu do 42%, test .2; P = 0,15), pacjenci z nawrotem nowotworu (71% versus 52%, test P2, P = 0,59), a w konsekwencji pacjenci, którzy wymagali leczenia adjuwantowego (75% versus 50%, test P2: P = 0,40; ). Spośród 2 gwiaździaków pilocytarnych związanych z NF1, jeden wykazał duplikację locus BRAF. W przeciwieństwie do tego, BRAF zyski (jeśli nie jest częścią dużego zysku chromosomowego) nie zostały wykryte w żadnym z 28 ganglioglioma i 10 pleomorficznych xanthoastrocytoma badanych przez tablicę CGH na tej samej mikromacierzy (dane 27, 28 i nasze niepublikowane dane). Rycina Aberracje liczby kopii DNA w gwiaździakach o niskim stopniu złośliwości u dzieci. (A) Częstości przyrostów i strat liczby kopii DNA nowotworów (n = 66) wykreślono względem ich pozycji chromosomowych. (B) Kompletny wykres CGH gwiaździaka pilocytarnego z duplikacją BRAF w 7q34 przedstawiającą jedyną wykrywalną aberrację genomu w tym guzie
[więcej w: centrum medyczne bazarowa, wena oława, chlorek tionylu ]